Pada tiga tahun kemudian selepas siri pertama tamat, Dunia Digital telah dikuasai oleh Digimon Kaiser juga merupakan manusia sama seperti Kanak-kanak Terpilih. Digimon Kaiser memperhambakan semua Digimon yang dijumpainya dengan Black Ring dan Black Tower, tambahan pula, dia juga telah menghentikan proses pertukaran Digimon(digivolve). Kemunculan tiga kanak-kanak terpilih baru (Daisuke, Miyako dan Iori) telah dipilih untuk menyelamatkan Dunia Digital bersama-sama Takeru dan Hikari membentuk generasi baru Kanak-Kanak Terpilih untuk menumpaskan Digimon Kaiser.